وقتى امام به شهادت رسيد، سندى گروهى از فقها و بزرگان بغداد را بر سر جنازه‌اش آورد و به ايشان گفت: به او نگاه كنيد، آيا در وى اثرى از ضربه شمشير يا اصابت نيزه مي‌بينيد؟ گفتند: ما از اين آثار چيزى نمي‌بينيم و از آنها خواست كه بر مرگ طبيعى او شهادت دهند و آنها نيز شهادت دادند! آن گاه جسد شريف آن حضرت را بيرون آورده و آن را بر جسر (پل) بغداد نهادند و دستور داد كه ندا دهند: اين موسى بن جعفر است كه مرده است، نگاه كنيد. عابران به او نگاه مي‌كردند و اثرى از چيزى كه نشان دهنده كشتن او باشد، نمي‌ديدند.

يعقوبى در تاريخش مي‌گويد: پس از آن كه امام كاظم عليه السلام مدت درازى را در زندان‌هاى تاريك هارون‌الرّشيد گذراند، به ايشان گفته شد: چطور است كه به فلان كس نامه‌اى بنويسى تا درباره تو با رشيد صحبت كند؟ امام فرمود: پدرم به نقل از پدرانش برايم حديثي بيان نموده است: «خداوند به داود عليه‌السلام سفارش كرده كه هر گاه بنده‌اى، به يكى از بندگان من اميد بست، همه درهاى آسمان به رويش بسته مي‌شود و زمين زير پايش خالى مي‌گردد.» در مدت زندان آن حضرت، اقوال مختلفي وجود دارد.

آن حضرت، چهار سال يا هفت سال يا ده سال يا به قولي چهارده سال در زندان به سر برده است.